Em 1503, a terceira expedição naval enviada para reconhecimento do litoral do Brasil se dispersou e sob o comando de Américo Vespúcio, seguiu viagem até a Bahia e depois até Cabo Frio.

Os expedicionários fundaram então uma fortaleza-feitoria com 24 cristãos para explorar o pau-brasil, na época abundante na margem continental da Lagoa de Araruama. Este estabelecimento comercial-militar foi destruído pelos tupinambás em 1512.

Desde 1504 os franceses traficavam pau-brasil e outras mercadorias com os tupinambás. Este tráfico ocorreu durante as três primeiras décadas do século XVI no litoral nordeste do Brasil.

A partir de 1540, em virtude do controle naval português no litoral nordestino, os franceses voltaram-se para a exploração dos recursos naturais de Cabo Frio na região sudeste.

Em 1556, fizeram outra fortaleza-feitoria para exploração do pau-brasil, na mesma ilhota utilizada anteriormente pelos portugueses. Esta fortaleza-feitoria, hoje chamada Casa de Pedra, foi construída um ano depois da fortaleza de Villegaignon no Rio de Janeiro e ampliou e consolidou o domínio francês no litoral sudeste.

Em 1575 o governador do Rio de Janeiro, Antônio Salema, reuniu um exército português apoiado por uma tropa de índios catequizados, com o objetivo de acabar com o domínio franco-tamoyo que já durava 20 anos em Cabo Frio.

As tropas vencedoras enforcaram dois franceses, um inglês e o pajé tupinambá. 500 guerreiros tamoyos foram assassinados a sangue frio, mais de 1500 índios foram escravizados, queimaram as aldeias e outros 10 mil índios foram mortos.

Os sobreviventes refugiaram-se na Serra do Mar. Cabo Frio transformou-se num deserto humano.

Não houve interesse dos portugueses em colonizar Cabo Frio após o massacre, mas foi estabelecido um bloqueio naval com base no Rio de Janeiro.

Entre 1576 e 1615, franceses, ingleses e holandeses voltaram a freqüentar o porto de Araruama em busca do pau-brasil o que deu base à pirataria contra embarcações portuguesas que procuravam dobrar o cabo.

Em 1580, com a submissão de Portugal à Espanha, aumentou a presença destes navios que carregavam bandeiras inimigas dos castelhanos.